El Colegio de Bachillerato "Atahualpa", fue creado mediante Acuerdo Ministerial 489, de fecha 28 de junio de 1976, suscrito por el Consejo Supremo de Gobierno, con el nombre de COLEGIO NACIONAL MIXTO DE CICLO BÁSICO, por un excedente de 315 estudiantes matriculados en el Colegio Nacional "Nueve de Octubre", funcionado en sus inicios en la Escuela "Ciudad de Machala", luego en la Escuela "Simón Bolívar" y "Sulima García", de donde pasó  al Colegio "Kléver Franco Cruz" y desde el año 1992, se traslada a su propio local de dos bloques de aulas en construcción y ocho aulas que se construyeron con caña y madera.
Mediante Acuerdo No 122 del 21 de enero de1977, se lo designó con el nombre de COLEGIO NACIONAL MIXTO "ATAHUALPA". Año a año, el Colegio ha ido creciendo considerablemente, contando en la actualidad con 1350 estudiantes, 70 profesores titulares y 12 contratados, funciona en dos jornadas: matutina el Bachillerato y vespertina el Ciclo Básico.
El Bachillerato, cuenta con las especializaciones de: SOCIALES, INFORMÁTICA Y QUIBIO, el plantel está actualmente dirigido por el Ms. Fredy Wilfrido Figueroa Samaniego, Rector, la Lcda. Lucía Romero Aguirre, vicerrectora (e), Lcdo. Manuel Orlando Ramón Lara, Inspector General y el Consejo Ejecutivo conformado por el Ing. Jorge Sánchez Pesantes, Primer Vocal Principal, la Lcda. Luz Marcela Palacios Torres, Segundo Vocal Principal, Lcdo. Gonzalo Gonzáles Espinoza, Tercer Vocal Principal, Lcda. Norma Miarabá Velasco, Primer Vocal Suplente del Consejo Ejecutivo, Lcdo. Pepe Erreyes Chuchuca, Segundo Vocal Suplente del Consejo Ejecutivo y Lcda. Nancy Paladines Parra, Tercer Vocal Suplente del Consejo Ejecutivo.

El Colegio de Bachillerato "Atahualpa", a corto plazo se constituirá en una institución formadora de jóvenes autónomos, de mentalidad pro activa y transformadora, líderes creativos, con amplia  comprensión de los procesos teóricos-prácticos con los que construye la realidad del mundo que se desea, con alto desarrollo de sus habilidaes intelectuales superiores.

Formar de manera integral a la juventud, con amplios conocimientos científicos y tecnológicos, sólida práctica de valores humanos, éticos y morales, capaces de ingresar y culminar con éxitos los estudios de nivel superior, para contribuir al progreso de la patria.